Über die Baugeschichte des Haberhauses ist nur wenig bekannt, da bisher noch keine bauarchäologischen Untersuchungen durchgeführt werden konnten. Es ist aber davon auszugehen, dass es als ältestes Gebäude des Wirtschaftshofs eine komplexe Baugeschichte birgt.
Erbaut wurde das Haberhaus im 14, Jahrhundert. Der langgestreckte, dreigeschossige Riegbau wird rückseitig durch die alte Ringmauer abgeschlossen. Den heutigen Bau prägen im Wesentlichen Umbauten der letzten drei Jahrhunderte. Im 18. und 19. Jahrhundert wurde das Wirtschaftsgebäude erheblich verändert und 1724 – zeitgleich mit dem Bau des Kornhauses – erhielt es sein heutiges Dach. Sein äusseres Erscheinungsbild wurde bei den zwischen 1920 und 1940 ausgeführten Umbauten nach dem Vorbild des Heimatstils gestaltet.
Die sozialen Einrichtungen – die Heime und Anstalten – haben die Obergeschosse des Haberhauses für die Unterbringung ihrer Bewohnerinnen genutzt. Die kleinen Kammern in der linken Gebäudehälfte dienen heute der Musikschule Köniz als Unterrichtszimmer. Der rechte Gebäudeteil beherbergt in den Obergeschossen das Schulmuseum Bern. Das Erdgeschoss wird als Restaurant genutzt.